Геном Арабики (arabica genome)

Исследователи из Калифорнийского университета в Дэвисе собрали генетический материал – образцы ДНК и РНК – из различных частей и на различных стадиях роста 23 кофейных деревьев гейши из Good Land Organics. Гейша, известная своими уникальными ароматическими качествами, представляет собой ценный сорт C. arabica, который возник в горах Западной Эфиопии. Растительный материал с одного из деревьев – гейши UCG-17 – был использован для разработки последовательности генома C. arabica.

Было определено, что C. arabica – это гибрид, полученный из двух других видов растений: C. canephora (кофе робуста) и близкородственного C. eugenioides. В результате этого гибридного скрещивания сложный геном C. arabica имеет четыре набора хромосом – в отличие от многих других растений и людей, которые имеют только два набора хромосом.

Используя технологию секвенирования, разработанную Pacific Biosciences из Менло-Парк, штат Калифорния, исследователи из Калифорнийского университета в Дэвисе подсчитали, что геном UCG-17 Geisha состоит из 1,19 миллиарда пар нуклеотидных оснований, что составляет примерно одну треть от человеческого генома. В исследовании использовалось сочетание новейших технологий секвенирования генома и сборки генома, в результате чего было выявлено примерно 70 830  генов.

В дальнейшем исследователи сосредоточатся на выявлении генов и молекулярных путей, связанных с качеством кофе, в надежде, что они помогут лучше понять, каким образом формируется уникальный вкусовой профиль кофе гейша. Ученые  секвенировали образцы из 22 других кофейных деревьев сорта гейши, чтобы получить представление о генетических вариациях внутри этого сорта среди 13 других разновидностей C. arabica, что также будет важно для определения параметров роста растений, поиска вариантов противостояния кофейных деревьев болезням и другим современным стрессам в климате и окружающей среде. 

Информация о геноме арабики размещена в базе Phytozome.